Финно-угорские контакты полностью не оборвались в период советской оккупации, хотя направления работы и деятели сменились. Все больше интенсифицировались научные контакты. Благодаря усилиям академика Пауля Аристе Тартуский университет превратился в один из важнейших центров финно-угорского научного мира. Десятки представителей российских финно-угорских народов защитили в Эстонии свои кандидатские и докторские работы. Под руководством Кальо Пылу Эстонский университет искусств начал проводить экспедиции к российским финно-угорским народам. В Эстонском национальном музее главным зачинателем экспедиций был Алексей Петерсон. Это только некоторые примеры. Однако в то же время понятия «движение родственных народов», «дни родственных народов» и «Фенно-Угриа» превратились в табу.
В конце 1980-х годов в Эстонии были учреждены несколько организаций, развивающих отношения с финно-угорскими народами. Как раз это время стало периодом второго национального пробуждения у российских финно-угорских народов. Начали проводиться финно-угорские национальные конгрессы, учреждены национальные объединения, ассоциации финно-угорских театральных деятелей, писателей, молодежи. Интенсификация контактов привела к мысли о том, что необходимо создать централизованную организацию, развивающую контакты с финно-угорскими народами, так как у маленьких организаций по отдельности было мало ресурсов.
Так и получилось, что 19 апреля 1991 года в газетах Ноорте хяаль (Noorte Hääl — Голос молодежи) и Рахва хяаль (Rahva hääl — Голос народа) появился совместный призыв Эстонского уральского общества, Эстонского марийского общества и Эстонского саамского общества об учреждении Фенно-Угрии: «Мы нуждаемся в связывающей нас организации, которая обеспечила бы информационный обмен и сотрудничество, предложила материальную поддержку. […] Ждем поддержки от всех эстонских и финно-угорских объединений, учреждений и организаций, кто в этом деле заинтересован и кто был членом учреждения во времена Эстонской Республики».
Собрание по воссозданию Фенно-Угрии было проведено 30 мая в Эстонском институте языка и литературы. 31 мая газета Пяевалехт сообщила: «В собрании по восстановлению участвовали представители 50 учреждений, организаций, национальных обществ и объединений. Фенно-Угриа это добровольная организация, законный наследник учреждения существовавшего во времена независимости, главной целью которого является продвижение культуры, образования и науки финно-угорских и самодийских народов».
На собрании избрали правление из семи человек, которое решили переизбирать каждые два года. Сейчас членами учреждения является 51 организация. С 1993 года в учреждении есть оплачиваемые работники.
Важнейшим мероприятием Фенно-Угрии стали Дни родственных народов. Можно сказать, что с 1991 года Фенно-Угрия стала продолжателем, организатором и пропагандистом старейшей традиции финно-угорского мира. Фенно-Угриа проводила или оказывала поддержку в проведении многих крупных мероприятий: в 1993 году конференции, посвященные 150-летию Михкеля Вески, в 1995 году дни, посвященные академику Паулю Аристе, в 1996 году конференцию по фольклористике северных и финноугорских народов, а также фестиваль коренных американцев, 1997 году VI Финно-угорский фольклорный фестиваль, в 1998 году II Финно-угорский исторический конгресс, в 1999 году Финно-угорский детский фольклорный фестиваль «Сувехарья Ило», в 1994, 1998 у 2001 годах Финно-угорские конференции творческих деятелей по этнофутуризму, в 2002 году конференцию «Фенно-Угриа 75», в 2001-2003 годы конференции молодых финно-угорских писателей, в 2006 и 2007 годах Культурный фестиваль коренных народов «Отражение северного неба», в 2007 году Фенно-Угриа торжественно отметила свой 80-летний юбилей.
Начиная с 2001 года Фенно-Угриа проводит вечера родственного клуба, где ученые и общественные деятели выступают с докладами о финно-угорских народах. В дополнение к родственному клубу с 2009 года в Доме музыки Старого города начали проходить мероприятия цикла родственных вечеров. С этого же года в помещениях Фенно-Угрии проходят время от времени разговорные вечера, на которых обсуждаются специфические проблемы финно-угорского мира.
Учреждение стремилось также знакомить и пропагандировать культуру финно-угорских народов в рамках различных крупных мероприятий, как, например, Дни старого города, День мира и День европейских языков, также традицией стало участие в ярмарках в Хельсинки.
По инициативе Фенно-Угрии с 1991 года в эстонских вузах учились более 200 финно-угорских студентов, магистрантов и докторантов из России. Также при нашем посредничестве в Тартуский и Таллиннский университеты приезжали преподавать преподаватели финно-угорских языков и истории, а в университеты финно-угорских регионов России были направлены лекторы эстонского языка и литературы.
По примеру финнов в 1998 году Фенно-Угрия инициировала принятие Программы родственных народов. При ее поддержке и сейчас в эстонских вузах обучаются финно-угорские магистранты и докторанты. Благодаря грантовой поддержке проводятся мероприятия по знакомству с финно-угорскими народами, издаются книги на финно-угорских языках, финансируются поездки на зарубежные мероприятия. В рамках программы присуждаются литературная премия и премия за местные инициативы «Мировое дерево»
В середине 1990-х годов при посредничестве Фенно-Угрии между Эстонской Республикой и республиками Марий Эл, Коми, Удмуртия заключены договора о сотрудничестве по развитию образовательных и культурных связей. Заключение договоров позволило проводить обмен десятками делегаций в год. Постоянно Фенно-Угрия была организатором и посредником по направлению в финно-угорские регионы и страны эстонских творческих деятелей, выставок. Также Фенно-Угриа оказывает поддержку при приеме гостей из финно-угорских регионов и стран.
Начиная с 1993 года Фенно-Угриа представляет Эстонию в Консультативном комитете финно-угорских народов и координирует эстонскую деятельность в промежутках между Конгрессами финно-угорских народов. Учреждение было главным организатором прошедшего в 2004 году в Таллинне IV Всемирного конгресса финно-угорских народов. В конгрессе участвовало более 600 делегатов от финно-угорских народов, а также президенты Эстонии, Финляндии и Венгрии
Для сбора и распространения информации о событиях, происходящих в финно-угорских регионах и странах,в 1993 году при Фенно-Угрии образован Информационный центр финно-угорских народов (SURI), который с 1994 года начал издавать информационный бюллетень и развивать интернет-сайт. В 1996-1997 годах Информационный центр издавал бюллетень на английском и русском языках «Уральские контакты».
В 2007 году Фенно-Угрия создала новую интернет-страницу, SURI и центр родственных народов объединили. В 2008 году вместо информационного бюллетеня стали издавать культурный бюллетень Sirp и время от времени предназначенную для широкой аудитории газету «Вестник Фенно-Угрии». С 2012 года издается ежегодник «Финно-угорский узел». Также учреждение делает ежемесячно электронную новостную рассылку.
Начиная с 1997 года, учреждение издает ставший традиционным календарь родственных народов, который нашел свое место в домах тысяч финно-угорских друзей. Кроме этого Фенно-Угриа выпустила в свет множество других изданий, среди которых можно отметить «Словарь уральских языков (Tallinn 2004, 2011). В дополнение к изданиям Фенно-Угриа имеет богатый информацией интернет-сайт и редкую по специфике и богатству библиотеку. В 2010 году Учреждение Фенно-Угриа вместе с пятью партнерами при поддержке образовательной программы Нордплюс приступила к созданию нового финно-угорского информационного портала.
Фенно-Угрия постоянно осуществляет тесное сотрудничество с культурными обществами финно-угорских народов, проживающих в Эстонии. Учреждение оказало поддержку в создании Эстонского мордовского культурного общества, Удмуртского культурного общества «Ошмес». Вместе отмечаются финно-угорские народные, национальные и государственные праздники, среди которых наиболее традиционными стали День эрзянского языка и День марийского героя. В свою очередь общества помогают Фенно-Угрии в проведении крупных мероприятий.